Preview

Альманах клинической медицины

Расширенный поиск

Синдром инвертированной дупликации и терминальной делеции короткого плеча хромосомы 5 (описание клинического наблюдения)

https://doi.org/10.18786/2072-0505-2020-48-025

Полный текст:

Аннотация

Синдром инвертированной дупликации с делецией короткого плеча хромосомы 5 (inv dup del 5p) – редкое генетическое заболевание с частотой встречаемости менее чем 1:1 000 000, причиной возникновения которого является сегментарная трисомия и одновременно сегментарная моносомия короткого плеча хромосомы 5. Заболевание впервые описано A. Kleczkowska и соавт. в 1987 г. Согласно данным литературы, крупные дупликации короткого плеча хромосомы 5 характеризуются выраженными фенотипическими проявлениями, задержкой речевого и умственного развития, а также аномалиями развития сердца, головного мозга и костно-мышечной системы. В статье дано описание клинического наблюдения протяженной инвертированной дупликации с делецией короткого плеча хромосомы 5 у девочки с «мягким» фенотипом и отсутствием аномалий развития внутренних органов и костно-мышечной системы, обсуждаются патогенетические механизмы формирования хромосомной перестройки, проводится сравнительный анализ фенотипических проявлений на основе данных литературы. В результате комплексного молекулярно-цитогенетического исследования доказано, что дуплицированный участок имеет протяженность 29 Мб с границами 5(p13.3p15.33), а делетированный участок субтеломерного района, расположенный дистальнее 5p15.33, имеет протяженность 110 кб.

Об авторах

О. А. Соловова
ГБУЗ МО «Московский областной научно-исследовательский клинический институт им. М.Ф. Владимирского»
Россия

Соловова Ольга Александровна – врач-генетик консультативного отделения медико-генетического центра

129110, г. Москва, ул. Щепкина, 61/2



Н. В. Опарина
ГБУЗ МО «Московский областной научно-исследовательский клинический институт им. М.Ф. Владимирского»
Россия

Опарина Наталья Вячеславовна – врач лабораторный генетик медико-генетической лаборатории медико- генетического центра

129110, г. Москва, ул. Щепкина, 61/2



Ю. Ю. Коталевская
ГБУЗ МО «Московский областной научно-исследовательский клинический институт им. М.Ф. Владимирского»
Россия

Коталевская Юлия Юрьевна – канд. мед. наук, врач-генетик, заведующая консультативным отделением медико-генетического центра

129110, г. Москва, ул. Щепкина, 61/2



С. Г. Калиненкова
ГБУЗ МО «Московский областной научно-исследовательский клинический институт им. М.Ф. Владимирского»
Россия

Калиненкова Светлана Георгиевна – канд. мед. наук, врач лабораторный генетик, заведующая медико-генетической лабораторией медико-генетического центра

129110, г. Москва, ул. Щепкина, 61/2



А. Ш. Латыпов
ГБУЗ МО «Московский областной научно-исследовательский клинический институт им. М.Ф. Владимирского»
Россия

Латыпов Артур Шамилевич – канд. мед. наук, врач-генетик, руководитель медико-генетического центра

129110, г. Москва, ул. Щепкина, 61/2



Список литературы

1. MalaCards Human Disease Database. Chromosome 5p Duplication [Internet]. Available from: https://www.malacards.org/card/chromosome_5p_duplication.

2. Kleczkowska A, Fryns JP, Moerman P, Vandenberghe K, Van den Berghe H. Trisomy of the short arm of chromosome 5: autopsy data in a malformed newborn with inv dup (5) (p13.1– p15.3). Clin Genet. 1987;32(1):49–56. doi: 10.1111/j.1399-0004.1987.tb03323.x.

3. Mosca AL, Callier P, Faivre L, Laurent N, Rousseau T, Marle N, Payet M, Guy H, Couvreur S, Masurel-Paulet A, Sagot P, Thauvin-Robinet C, Mugneret F. A prenatal case of inverted duplication with terminal deletion of 5p not including the cat-like cry critical region. Am J Med Genet A. 2011;155A(8):2031–4. doi: 10.1002/ajmg.a.34105.

4. Izzo A, Genesio R, Ronga V, Nocera V, Marullo L, Cicatiello R, Sglavo G, Paladini D, Conti A, Nitsch L. 40 Mb duplication in chromosome band 5p13.1p15.33 with 800 Kb terminal deletion in a foetus with mild phenotypic features. Eur J Med Genet. 2012;55(2):140–4. doi: 10.1016/j.ejmg.2011.12.004.

5. Chai H, Grommisch B, DiAdamo A, Wen J, Hui P, Li P. Inverted duplication, triplication and quintuplication through sequential breakage-fusion-bridge events induced by a terminal deletion at 5p in a case of spontaneous abortion. Mol Genet Genomic Med. 2019;7(10):e00965. doi: 10.1002/mgg3.965.

6. Sreekantaiah C, Kronn D, Marinescu RC, Goldin B, Overhauser J. Characterization of a complex chromosomal rearrangement in a patient with a typical catlike cry and no other clinical findings of cri-du-chat syndrome. Am J Med Genet. 1999;86(3):264–8.

7. Wang JC, Coe BP, Lomax B, MacLeod PM, Parslow MI, Schein JE, Lam WL, Eydoux P. Inverted duplication with terminal deletion of 5p and no cat-like cry. Am J Med Genet A. 2008;146A(9):1173–9. doi: 10.1002/ajmg.a.32246.

8. Krgovic D, Blatnik A, Burmas A, Zagorac A, Kokalj Vokac N. A coalescence of two syndromes in a girl with terminal deletion and inverted duplication of chromosome 5. BMC Med Genet. 2014;15:21. doi: 10.1186/1471-2350-15-21.

9. Vera-Carbonell A, Bafalliu JA, Guillén-Navarro E, Escalona A, Ballesta-Martínez MJ, Fuster C, Fernández A, López-Expósito I. Characterization of a de novo complex chromosomal rearrangement in a patient with cri-du-chat and trisomy 5p syndromes. Am J Med Genet A. 2009;149A(11):2513–21. doi: 10.1002/ajmg.a.33055.

10. McGowan-Jordan J, Simons A, Schmid M., editors. ISCN 2016: An International System for Human Cytogenomic Nomenclature (2016). 1st edition. Basel: Karger Publishers; 2016. 140 p.

11. Database of Genomic Variants. A curated catalogue of human genomic structural variation [Internet]. Available from: http://dgv.tcag.ca/gb2/gbrowse/dgv2_hg19/?name=5p15.33;-search=Search.

12. ISCA Database Search [Internet]. Available from: http://dbsearch.clinicalgenome.org/search/.

13. DECIPHER (DatabasE of genomiC varIation and Phenotype in Humans using Ensembl Resources) [Internet]. Available from: https://decipher. sanger.ac.uk/search?q=5p13.3#consented-patients/results.

14. Ballif BC, Yu W, Shaw CA, Kashork CD, Shaffer LG. Monosomy 1p36 breakpoint junctions suggest pre-meiotic breakage-fusion-bridge cycles are involved in generating terminal deletions. Hum Mol Genet. 2003;12(17):2153–65. doi: 10.1093/hmg/ddg231.

15. Mewar R, Harrison W, Weaver DD, Palmer C, Davee MA, Overhauser J. Molecular cytogenetic determination of a deletion/duplication of 1q that results in a trisomy 18 syndrome-like phenotype. Am J Med Genet. 1994;52(2):178–83. doi: 10.1002/ajmg.1320520211.

16. De Brasi D, Rossi E, Giglio S, D'Agostino A, Titomanlio L, Farina V, Andria G, Sebastio G. Inv dup del (1)(pter-->q44::q44-->q42:) with the classical phenotype of trisomy 1q42-qter. Am J Med Genet. 2001;104(2):127–30. doi: 10.1002/ajmg.1589.

17. Bonaglia MC, Giorda R, Poggi G, Raggi ME, Rossi E, Baroncini A, Giglio S, Borgatti R, Zuffardi O. Inverted duplications are recurrent rearrangements always associated with a distal deletion: description of a new case involving 2q. Eur J Hum Genet. 2000;8(8):597–603. doi: 10.1038/sj.ejhg.5200509.

18. Jenderny J, Poetsch M, Hoeltzenbein M, Friedrich U, Jauch A. Detection of a concomitant distal deletion in an inverted duplication of chromosome 3. Is there an overall mechanism for the origin of such duplications/deficiencies? Eur J Hum Genet. 1998;6(5):439–44. doi: 10.1038/sj.ejhg.5200217.

19. Kennedy D, Silver MM, Winsor EJ, Toi A, Provias J, Macha M, Precht K, Ledbetter DH, Chitayat D. Inverted duplication of the distal short arm of chromosome 3 associated with lobar holoprosencephaly and lumbosacral meningomyelocele. Am J Med Genet. 2000;91(3):167–70.

20. Kondoh Y, Toma T, Ohashi H, Harada N, Yoshiura K, Ohta T, Kishino T, Niikawa N, Matsumoto N. Inv dup del(4)(:p14 --> p16.3::p16.3 --> qter) with manifestations of partial duplication 4p and Wolf-Hirschhorn syndrome. Am J Med Genet A. 2003;120A(1):123–6. doi: 10.1002/ajmg.a.20208.

21. Beaujard MP, Jouannic JM, Bessières B, Borie C, Martin-Luis I, Fallet-Bianco C, Portnoï MF. Prenatal detection of a de novo terminal inverted duplication 4p in a fetus with the Wolf-Hirschhorn syndrome phenotype. Prenat Diagn. 2005;25(6):451–5. doi: 10.1002/pd.1154.

22. Van Buggenhout G, Maas NM, Fryns JP, Vermeesch JR. A dysmorphic boy with 4qter deletion and 4q32.3-34.3 duplication: clinical, cytogenetic, and molecular findings. Am J Med Genet A. 2004;131(2):186–9. doi: 10.1002/ajmg.a.20679.

23. Hoo JJ, Chao M, Szego K, Rauer M, Echiverri SC, Harris C. Four new cases of inverted terminal duplication: a modified hypothesis of mechanism of origin. Am J Med Genet. 1995;58(4):299–304. doi: 10.1002/ajmg.1320580402.

24. Dill FJ, Schertzer M, Sandercock J, Tischler B, Wood S. Inverted tandem duplication generates a duplication deficiency of chromosome 8p. Clin Genet. 1987;32(2):109–13. doi: 10.1111/j.1399-0004.1987.tb03335.x.

25. Teebi AS, Gibson L, McGrath J, Meyn MS, Breg WR, Yang-Feng TL. Molecular and cytogenetic characterization of 9p-abnormalities. Am J Med Genet. 1993;46(3):288–92. doi: 10.1002/ajmg.1320460310.

26. Wyandt HE. Reported tandem duplication/deletion of 9q is actually an inverted duplication. Am J Med Genet. 2001;100(1):82–3. doi: 10.1002/ajmg.1172.

27. Fisher AM, Thomas NS, Cockwell A, Stecko O, Kerr B, Temple IK, Clayton P. Duplications of chromosome 11p15 of maternal origin result in a phenotype that includes growth retardation. Hum Genet. 2002;111(3):290–6. doi: 10.1007/s00439-002-0787-2.

28. Chen CP, Chern SR, Lin SP, Lin CC, Li YC, Wang TH, Lee CC, Pan CW, Hsieh LJ, Wang W. A paternally derived inverted duplication of distal 14q with a terminal 14q deletion. Am J Med Genet A. 2005;139A(2):146–50. doi: 10.1002/ajmg.a.30997.

29. Knijnenburg J, van Haeringen A, Hansson KB, Lankester A, Smit MJ, Belfroid RD, Bakker E, Rosenberg C, Tanke HJ, Szuhai K. Ring chromosome formation as a novel escape mechanism in patients with inverted duplication and terminal deletion. Eur J Hum Genet. 2007;15(5):548– 55. doi: 10.1038/sj.ejhg.5201807.

30. Genesio R, De Brasi D, Conti A, Borghese A, Di Micco P, Di Costanzo P, Paladini D, Ungaro P, Nitsch L. Inverted duplication of 15q with terminal deletion in a multiple malformed newborn with intrauterine growth failure and lethal phenotype. Am J Med Genet A. 2004;128A(4):422–8. doi: 10.1002/ajmg.a.30112. Erratum in: Am J Med Genet A. 2005;136(1):113.

31. Courtens W, Grossman D, Van Roy N, Messiaen L, Vamos E, Toppet V, Haumont D, Streydio C, Jauch A, Vermeesch JR, Speleman F. Noonan-like phenotype in monozygotic twins with a duplication-deficiency of the long arm of chromosome 18 resulting from a maternal paracentric inversion. Hum Genet. 1998;103(4):497–505. doi: 10.1007/s004390050857.

32. Pangalos C, Théophile D, Sinet PM, Marks A, Stamboulieh-Abazis D, Chettouh Z, Prieur M, Verellen C, Rethoré MO, Lejeune J, et al. No significant effect of monosomy for distal 21q22.3 on the Down syndrome phenotype in "mirror" duplications of chromosome 21. Am J Hum Genet. 1992;51(6):1240–50.

33. Dupont C, Lebbar A, Teinturier C, Baverel F, Viot G, Le Tessier D, Le Bozec J, Cuisset L, Dupont JM. First reported case of intrachromo-somal cryptic inv dup del Xp in a boy with developmental retardation. Am J Med Genet A. 2007;143A(11):1236–43. doi: 10.1002/ajmg.a.31744.

34. Giglio S, Broman KW, Matsumoto N, Calvari V, Gimelli G, Neumann T, Ohashi H, Voullaire L, Larizza D, Giorda R, Weber JL, Ledbetter DH, Zuffardi O. Olfactory receptor-gene clusters, genomic-inversion polymorphisms, and common chromosome rearrangements. Am J Hum Genet. 2001;68(4):874–83. doi: 10.1086/319506.

35. Rowe LR, Lee JY, Rector L, Kaminsky EB, Brothman AR, Martin CL, South ST. U-type exchange is the most frequent mechanism for inverted duplication with terminal deletion rearrangements. J Med Genet. 2009;46(10):694–702. doi: 10.1136/jmg.2008.065052.

36. Weleber RG, Verma RS, Kimberling WJ, Fieger HG Jr, Lubs HA. Duplication-deficiency of the short arm of chromosome 8 following artificial insemination. Ann Genet. 1976;19(4):241–7.

37. OMIM® Online Mendelian Inheritance in Man®. Cri-du-chat syndrome [Internet]. Available from: https://www.omim.org/entry/123450?-search=123450&highlight=123450.

38. Loscalzo ML, Becker TA, Sutcliffe M. A patient with an interstitial duplication of chromosome 5p11–p13.3 further confirming a critical region for 5p duplication syndrome. Eur J Med Genet. 2008;51(1):54–60. doi: 10.1016/j.ejmg.2007.09.006.

39. Chia NL, Bousfield LR, Johnson BH. A case report of a de novo tandem duplication (5p) (p14----pter). Clin Genet. 1987;31(2):65–9. doi: 10.1111/j.1399-0004.1987.tb02771.x.

40. Cervera M, Sánchez S, Molina B, Alcántara MA, Del Castillo V, Carnevale A, González-del Angel A. Trisomy of the short arm of chromosome 5 due to a de novo inversion and duplication (5)(p15.3 p13.3). Am J Med Genet A. 2005;136A(4):381–5. doi: 10.1002/ajmg.a.30791.

41. Avansino JR, Dennis TR, Spallone P, Stock AD, Levin ML. Proximal 5p trisomy resulting from a marker chromosome implicates band 5p13 in 5p trisomy syndrome. Am J Med Genet. 1999;87(1):6–11.

42. Newman S, Hermetz KE, Weckselblatt B, Rudd MK. Next-generation sequencing of duplication CNVs reveals that most are tandem and some create fusion genes at breakpoints. Am J Hum Genet. 2015;96(2):208–20. doi: 10.1016/j.ajhg.2014.12.017.

43. Клаг УС, Каммингс МР. Основы генетики. М.: Техносфера; 2007. 896 с.


Дополнительные файлы

1. Fig. 1. The 4-year old proband. The specific phenotypic features: protrudent high forehead, long eyelashes, thin upper lip, long blunted filter, and adherent earlap
Тема
Тип Прочее
Посмотреть (160KB)    
Метаданные
2. Fig. 2. Visualization after GTG stain of a normal chromosome 5 and inv dup del 5p (shown as der(5)) with schematic picture of the identified rearrangement. The magnified part of the scheme shows: р13.3, proximal border of the involved rearranged site; р15.2, critical region Cri-du-Chat; р15.33, distal border of the involved rearranged site; subtelomeric deletion with a 110 Kb length and its location. The arrows show the space orientation of the sites
Тема
Тип Прочее
Посмотреть (172KB)    
Метаданные
3. Fig. 3. Visualization and schematic location of the hybridization signals. In red, signals from the critical region Cri-du-Chat CTNND2(5p15.2), the length of the hybridization site is 570 Kb from SHGC-107760 to D5S2874. In green, signals from the 5q31.2 (CDC25C/EGR1) locus, the length of the hybridization site is 650 Kb from RH48032 to SHGC-3896
Тема
Тип Прочее
Посмотреть (147KB)    
Метаданные
4. Fig. 4. Visualization of the results of chromosomal microarray analysis
Тема
Тип Прочее
Посмотреть (344KB)    
Метаданные
5. Fig. 5. The event flow in the symmetrical U type: А, two-strain chromatid breakage; B1, acentric fragments (are lost during cell division); B2, fusion of the “sticky ends” at the fusion site (fs) and formation of a bi-centric chromosome; the grey line shows the breakage de novo in a new breakage site (bs); C, formation of the end products: a chromosome with terminal deletion (green) and another one with inv dup del (red and green)
Тема
Тип Прочее
Посмотреть (162KB)    
Метаданные
6. Fig. 6. Visualization of a part of the chromosome 5 short arm located between the deleted and duplicated segments. Abundance of this site has not been determined due to the absence of matrix labels (grey arrow)
Тема
Тип Прочее
Посмотреть (109KB)    
Метаданные
7. Table 1. Clinical and genetic characteristics of patients with inv dup del 5p
Тема
Тип Прочее
Посмотреть (547KB)    
Метаданные

Для цитирования:


Соловова О.А., Опарина Н.В., Коталевская Ю.Ю., Калиненкова С.Г., Латыпов А.Ш. Синдром инвертированной дупликации и терминальной делеции короткого плеча хромосомы 5 (описание клинического наблюдения). Альманах клинической медицины. 2020;48. https://doi.org/10.18786/2072-0505-2020-48-025

For citation:


Solovova O.A., Oparina N.V., Kotalevskaya Yu.Yu., Kalinenkova S.G., Latypov A.S. A clinical case of inverted duplication with terminal deletion of the short arm of chromosome 5. Almanac of Clinical Medicine. 2020;48. (In Russ.) https://doi.org/10.18786/2072-0505-2020-48-025

Просмотров: 230


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2072-0505 (Print)
ISSN 2587-9294 (Online)